بعد از اين که آن فقيه در غروب روز پنجشنبه 23/1/1365 از دنيا رفت مأموران شبانه او را به قم منتقل و برخلاف وصيتش نه اجازه نماز ميّت خواندن به آيتالله صدر دادند و نه او را در يکي از دو محل مورد وصيتش دفن کردند بلکه او را نصف شب، با چند مأمور در قبرستان ابوحسين قم دفن کردندمرحوم آيتالله العظمي گلپايگاني با ارسال تلگرامي به جماران، خواستار تدارک [جبران] اهانتهاي انجامشده به آيتالله العظمي شريعتمداري و مقام مرجعيّت ايشان از سوي آيتالله العظمي خميني شد اما بي پاسخ ماند:
قم ـ تهران ـ شمار? 134ـ 128ـ 15ـ1 تهران ـ جمارانحضرت مستطاب آيتالله آقاي خميني دامت برکاتهبا ابلاغ سلام، مزيد توفيقات را مسئلت دارم. آنچه بين حضرتعالي و آيتالله شريعتمداري ـ طاب ثراه ـ واقع شده، حکومت واقعي با خداوند متعال و ظاهراً هم با تاريخ ميباشد. اميد است مصداق آي? کريم? «وَ نَزَعنا ما في صُدُورِ هِم مِن غِلّ اِخواناً عَلي سُرُر مُتقابلين» بشويد.
فعلاً که خبر تأسفانگيز رحلت ايشان منتشر شده است، لازم دانستم ضمن ابراز نگراني و تسليت، از جريان تجهيز که بدون تشييع و احترامات لازمه و تدفين مخفيانه در محل غيرِمناسب واقع شده، ابراز تأسف شديد بنمايم. انتظار دارم اکنون هم در حد ممکن، اهانتهايي را که به ايشان و مقام مرجعيّت شده، شخصاً تدارک {جبران} فرماييد. اعلاءِ کلم? اسلام و مسلمين را از خداوند متعال مسئلت دارم. والسلام عليکم و رحمه الله و برکاته.24 رجب 1406الگلپايگاني (??)